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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  42 lines
  1. ********************************************************
  2. * Bacterial regulatory proteins, arsR family signature *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. The many bacterial transcription regulation proteins which bind DNA  through a
  6. 'helix-turn-helix' motif can  be  classified into subfamilies  on the basis of
  7. sequence  similarities.  One  of these subfamilies, which we call arsR, groups
  8. together proteins that seem to dissociate from DNA  in presence of metal ions.
  9. These proteins are listed below.
  10.  
  11.  - arsR from  various plasmids (such as R773, pSX267, pI258).  ArsR acts  as a
  12.    transcriptional repressor of an arsenic resistance operon (ars).
  13.  - smtB from Synechococcus  PCC 7942.  SmtB  is a transcriptional repressor of
  14.    the smtA gene that codes for a metallothionein.
  15.  - cadC from  plasmid pI258 and  from Bacillus firmus OF4.   CadC is a protein
  16.    required for full cadmium-resistance.
  17.  
  18. It has been shown [1] that there could  be a  helix-turn-helix  (H-T-H) region
  19. in the central part of these proteins. An interesting feature of this putative
  20. H-T-H region is that it contains, at  its N-terminal extremity,  one perfectly
  21. conserved cysteine residue and another one which is found in arsR and cadC but
  22. not  in smtA and  at  its C-terminal extremity at  least one and generally two
  23. histidine residues. We believe [2] that  these  residues could be  involved in
  24. metal-binding (zinc in smtB, metal-oxyanions  such as arsenite, antimonite and
  25. arsenate for arsR, and cadmium for cadC).  Binding of a metal ion could induce
  26. a  conformational change that  would prohibit the protein from binding to DNA.
  27. Such a mechanism  is  highly suitable  for  regulatory  systems  that  act  to
  28. regulate the  transcription  of  proteins involved in metal-ions efflux and/or
  29. detoxification.
  30.  
  31. The signature pattern  for  these  proteins  span  the entire helix-turn-helix
  32. region.
  33.  
  34. -Consensus pattern: C-x(2)-D-[LIVM]-x(6)-[ST]-x(4)-S-[HR]-[HQ]
  35. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  36. -Last update: October 1993 / First entry.
  37.  
  38. [ 1] Morby A.P., Turner J.S., Huckle J.W., Robinson N.J.
  39.      Nucleic Acids Res. 21:921-925(1993).
  40. [ 2] Bairoch A.
  41.      Nucleic Acids Res. 21:2515-2515(1993).
  42.